清同治十三年（1874）日本藉口琉球漁民漂流至屏東滿州鄉而遭當地原住民殺害，出兵侵臺(史稱牡丹事件)，清政府派沈葆楨來臺籌辦防務並派代表和日本交涉撤兵。另一方面積極加強防務，鑑於鞏固安平海防保護臺灣府城，建請建造砲台。利用熱蘭遮城磚材與洋式紅磚建造，四周有護河，引海水灌注，闊約十尺，水深沒頂，城門出入一座，開向東南。
清光緒二年（1876）建竣，其不僅是臺灣第一座現代西式砲台，也配備五門英製阿姆斯脫郎十八噸前膛大砲，威力強大。砲位下原有兩尺厚的三合土屋，作為避砲室和倉庫，昔已破壞，今改斜坡覆土。二十世紀初，大砲毀壞變賣，木橋斷陷，城洞砌磚封閉，一副殘破景觀。民國六十四年，砲台建成100週年時，臺南市政府大規模整建並仿製大砲、小砲，始成今貌。
億載金城沿革：
- 1874 因琉球漁民遇風漂流遭原住民殺害，至使日軍藉口侵入今臺灣屏東一帶，清政府命福建船政大臣沈葆楨以欽差身份來臺籌防。沈葆楨於9月開始興建二鯤鯓砲臺。
- 1876 全臺第一座西式砲台終於完成，大門額書「億載金城」四個字。從此在鯤鯓臨海擔負起保疆衛土的重要大任。
- 1905 日本時代，砲台曾遭若干毀損；二戰後，政府於民國64年，砲台建成100週年時，大規模加以整修，所成今貌。
- 1999 民國88年再次進行修復重新開放，在最後一次整修時挖出了部分原埋藏於地底之下的遺跡，以玻璃罩保護著以供人參觀。
